Синегорское месторождение минеральных вод обнаружили местные жители еще в конце ХIХ – начале ХХ века. Но открыли источник как целебный – в период существования на юге Сахалина губернаторства Карафуто (1905–1945 гг.). По разным данным, месторождение называлось «моруямский источник», или Окукаваками и Кавакамионсэн, что в переводе с японского означает «горячие источники в верховьях речки». Здесь была обустроена небольшая лечебница.

В 1945 году с началом операции советских войск по освобождению юга Сахалина и Курил лечебница японцами была уничтожена, а основной источник минеральной воды замаскирован, забетонирован. В 1945 – 1947 годах на юге Сахалина и Курилах шли преобразования с целью создания единой Сахалинской области с административным центром в г. Южно-Сахалинске (Тоёхара). В 1949 году синегорскими источниками заинтересовались советские ученые. Группа работников центрального НИИ курортологии страны под руководством В.В. Иванова провела исследовательские работы в районе Синегорья. Был сделан вывод о перспективности и высоких целебных свойствах месторождения.

В 1952–1955 гг. на источнике был выполнен широкий комплекс изыскательских работ, позволивших установить основные черты геологического строения месторождения, гидрохимическую обстановку, в которой формируются синегорские минеральные воды (в.А. Аверьев). Одновременно были подсчитаны их запасы. В целях увеличения эксплуатационных ресурсов минеральных вод в 1964 – 1966 гг. был проведен новый цикл буровых работ (в.г. Арутюнянц). Впоследствии было выяснено, что по своему основному химическому составу синегорские минеральные воды достаточно близки к воде всемирно известного курорта Ессентуки, отличаясь от нее более высокой минерализацией. В составе минеральных вод синегорского источника обнаружены также борная кислота, сульфаты, ионы фтора, магния, кальция, железа, меди, никеля, свинца, цинка, алюминия, марганца. По содержанию брома (до 20 мг/л) и йода (до 15 мг/л) эти воды могут считаться йодобромными. Но особая ценность синегорских вод связана с присутствием в них значительного количества мышьяка. Подобные воды встречаются в природе относительно редко. В СССР высокомышьяковистые минеральные воды были обнаружены лишь на Кавказе (дарыдаг, грушевая Поляна) и в закарпатье (горная Тисса). Запасы месторождения, его близость к областному центру, ценность минерального источника располагали к образованию в этом месте курортной зоны, здравницы.

В начале 60-х здесь началось строительство первого санатория – «Сахалин». В 1964 году санаторий был построен, а в 1965 году открылся.

Популярность здравницы возрастала с каждым годом, поэтому было принято решение о дальнейшем развитии курорта. В это время в Сахалинской области проживало около 800 тыс. человек, для трудящихся действовали также санатории «Чайка» и «горняк», подведомственные, как и санаторий «Сахалин», профсоюзам – Сахалинскому областному совету по управлению курортами. Но мест для желающих отдохнуть и долечиться не хватало.

В 1969 году в Синегорье началось строительство нового санаторного комплекса.

В 1981 году вступил в строй современный типовой санаторий «Синегорские минеральные воды» на 262 места. Сначала построили спальные корпуса и пищеблок. Лечебный процесс осуществлялся на базе медкомплекса санатория «Сахалин».

В 1982 году был сдан лечебно-диагностический корпус, оборудованный по последнему слову медицинской техники. В 1983 году построили 25-метровый бассейн для лечебного плавания. Это был первый опыт строительства сооружений такого типа в санаторно-курортных учреждениях Сахалинской области.

С 1985 года санаторий становится главным центром по оказанию методической и практической помощи здравницам Сахалинской области, базой внедрения передовых методов организации лечебного процесса. В это же время открываются общекурортные диагностические центры: рентгенологический, по ультразвуковой и функциональной диагностике, а также клиническая и биохимическая лаборатории.

Со строительством нового санаторного комплекса встала задача комплектования и формирования медицинского персонала. Предстояло набрать штат в 150 сотрудников, специалистов набирали со всего Советского Союза. Тогда в п. Санаторном специально для желающих работать в здравнице построили три жилых многоквартирных дома. в структуру санаторного комплекса входили также котельная, коммунальное хозяйств.

С начала открытия санатория «Синегорские минеральные воды» здесь начали использовать в лечебных целях морские сульфатные грязи озера Изменчивого, что расположено на юге Сахалина. Добытую лечебную грязь доставляли автотранспортом в специальных контейнерах, где она помещалась в специально оборудованное грязехранилище.

В 2001 году было образовано ЗАО «Синегорские минеральные воды».

• С 1997 года в санатории вступило в действие отделение по реабилитации пострадавших от несчастного случая на производстве и профзаболеваний.
• В 1999 году открыто специализированное отделение по долечиванию пациентов после оперативного лечения язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки, желчевыводящих путей.
• В 2001 году начинает работу круглогодичный детский оздоровительный лагерь на 50 мест.
• В 2002 году в санатории «Синегорские минеральные воды» начали применять новый метод лечения – гирудотерапию.
• В 2003 году открылось отделение по долечиванию сердечнососудистых больных после инфаркта миокарда и инсульта и после операции на сердце – аортокоронарное шунтирование
• С 2006 года это отделение стало принимать пациентов с нестабильной стенокардией.

В 2010 году санаторий «Синегорские минеральные воды» был передан на баланс правительства Сахалинской области.

С января 2017 года «Реабилитационный центр «Аралия» вошел в состав АО «Санаторий «Синегорские минеральные воды». Номерной фонд «Аралии» составляет 38 номеров (71 койко-место) для пребывания на круглосуточном стационаре и 30 койко-мест составляет дневной стационар. В центре открыты несколько залов для лечебной физкультуры, отделение водолечебницы, грязелечебницы, кабинеты массажа, механотерапии, УЗИ, косметологии, физиотерапевтических и других процедур. Приемы ведут терапевт, физиотерапевт, травматолог-ортопед, кардиолог, психолог, невролог, врач по лечебной физкультуре, логопед-афазиолог и др.

Центр работает по следующим направлениям:

• реабилитация центральной нервной системы;
• заболевания опорно-двигательного аппарата;
• медицинская кардио-реабилитация;
• другие соматические заболевания.