Чебаркульский военный санаторий основан в 1936 году, как Дом отдыха Уральского военного округа. С июля 1941 года по весну 1943 года в нем проживали 50 семей офицерского состава Генерального штаба Красной армии. 18 июня 1943 года исполнительный комитет Челябинского областного совета Депутатов трудящихся принял решение, в соответствии с которым, 25 июня 1943 года на базе дома отдыха открылся детский оздоровительный санаторий на 100 мест по линии ВЦСПС.

23 февраля 1945 года Директивой Генерального штаба Красной Армии детский санаторий был преобразован в Чебаркульский военный санаторий.

01 июня 2009 года санаторий развернут на 200 коек по штату № 27/134-2 (02) в соответствии с указаниями Генерального штаба ВС РФ №314/6/1049 от 17.03.2009 г., Главного медицинского управления МО РФ №161/1/1/2156 от 07.04.2009 г

24 ноября 2010 года ФГУ «Военный санаторий «Чебаркульский» переподчинен Департаменту санаторно-курортного обеспечения.

С 06 мая 2011 года ФГУ «Военный санаторий «Чебаркульский» на основании п.2 приказа МО РФ №1804 от 15.12.2010 г. осуществил переход на бюджетный тип учреждения и был переименован в филиал «Санаторий «Чебаркульский» ФБУ «СКК «Приволжский» МО РФ.

В соответствии с Директивой ГШ ВС РФ №314/6/2107 от 20.05.2011 года филиал «Санаторий «Чебаркульский» ФБУ «СКК «Приволжский» МО РФ переведен на штат № 27/328 с 06.10.2011 г. на 200 коек.

13 июня 2012 года филиал «Санаторий «Чебаркульский» ФБУ «СКК «Приволжский» МО РФ был реорганизован в государственный казенный тип учреждения филиал «Санаторий «Чебаркульский» ФГКУ «СКК «Приволжский» МО РФ на основании распоряжения Правительства Российской Федерации №420 – р от 29.03.2012 года.

20 октября 2017 года филиал «Санаторий «Чебаркульский» ФГКУ «СКК «Приволжский» МО РФ на основании распоряжения правительства Российской Федерации № 613 от 12.10.2018г. осуществил переход на бюджетный тип учреждения и был переименован в филиал «Санаторий «Чебаркульский» в ФГБУ «СКК «Приволжский» МО РФ.