ФГБУ «Сакский ВКС им. Н.И. Пирогова» Минобороны России – одна из старейших военных здравниц России. В 1837 году по настоянию командира 5-го пехотного корпуса генерала от инфантерии Николая Николаевича Муравьёва-Карского на берегу Сакского лечебного озера было открыто грязевое отделение Симферопольского (Таврического) военного госпиталя для лечения низших воинских чинов и офицеров. Лечили преимущественно  ревматизм, а также последствия травм и застарелых ран, полученных в боях.

В 1840—1850 годы в военном отделении на Сакском курорте  проходили лечение адмиралы М.П. Лазарев, А.С. Меньшиков, Н.Ф. Метлин, Л.М. Серебряков, вице-адмирал В.А. Корнилов. В 1902 году в Саках принимал лечебные процедуры вице-адмирал С.О. Макаров.

В годы Восточной (Крымской) войны 1853—1856 годов хирург Николай Иванович Пирогов включил грязелечение в программу этапной реабилитации раненых. С тех пор  отделение Симферопольского военного госпиталя развивалось как специализированное учреждение по лечению боевой травмы, а после постройки (1890—1897 гг.)  на территории отделения  грязелечебницы и 10-ти корпусов летнего типа для размещения 150 больных и обслуживающего персонала,  грязевое отделение госпиталя выделяется в самостоятельную военную здравницу.

В годы Гражданской войны (1917—1922) Сакская военная здравница, как и весь Сакский курорт, не функционировала, а использовалась под размещение воинских частей.

Сразу после окончания Гражданской войны, приказами Военно-Санитарного ведомства № 88 от 12 мая 1922 года и Революционного Военного Совета Республики  № 2452 от 30 октября 1922 года было ведено в действие с 1-го августа 1922 г. Штатное Отделение Военно-Курортной станции Крыма в Саках на 150 человек.

В 1928 году Сакское отделение Военно-Курортной станции Крыма было переименовано в Сакскую военно-курортную станцию, а в 1931 году – в Сакский санаторий Рабоче-Крестьянской Красной армии I категории.

В 1933 году в Сакском военном санатории, при содействии начальника санатория Ф.А. Филиппова, было создано единственное в Российской Федерации экспериментальное отделение по изучению действия грязелечения на животных, особенно на восстановительные процессы при переломах. Руководил отделением хирург Д.А. Новожилов.

В 1938 году в санаторий на лечение поступили бойцы, раненные в боях с японцами в районе озера Хасан. В связи с этим, с 1938 года санаторий перешел на круглогодичную работу (до этого работал только в летние месяцы). В 1939 году здесь проходили лечение раненные в боях в районе реки Халхин-Гол, а в 1940 г. – раненные в боях с белофиннами.

К началу Великой Отечественной войны  Сакский военный санаторий представлял собой лечебное учреждение, размещенное на 23,5 га, со своей электростанцией, частичным водяным отоплением, собственным водопроводом и канализацией, со своим подсобным хозяйством, парком и фруктовым садом.

В августе 1941 года, с началом Великой Отечественной войны, санаторий прекращает свою работу. В период оккупации на территории санатория были расквартированы немецкие и румынские военные части. Общий ущерб, нанесенный санаторию за время оккупации, составил 3 450 000 руб.

В апреле 1944 года, после освобождения Крыма от немецко-фашистских захватчиков,  на территорию санатория прибыл эвакогоспиталь №1767, личный состав которого вместе с вольнонаёмным составом санатория  занимался восстановительными работами и уже 28 августа 1944 года санаторий принял первую партию раненых.

С 15 января по 19 февраля 1945 года личный состав санатория выполнял правительственное задание по обслуживанию Ялтинской (Крымской) конференции руководителей трех держав СССР, Великобритании и США. За отличное  выполнение этого задания весь коллектив получил от Заместителя Председателя Совнаркома СССР В.М. Молотова благодарность, а 15 человек офицерского и вольнонаёмного состава награждены орденами и медалями СССР.

В 1947 санаторий был переименован в Центральный Сакский санаторий Вооруженных Сил СССР, а позднее – в Сакский санаторий Министерства обороны СССР.

В 1956 году на территории санатория был открыт источник минеральной термальной (45ºС) гидрокарбонатно-хлоридно-натриевой воды, что значительно расширило лечебные возможности и позволило принимать больных с хроническими заболеваниями органов пищеварения.

В 1977 году в санатории введен в эксплуатацию лечебный корпус на 1200 посещений в день с грязелечебным, физиотерапевтическим, эндоскопическим, стоматологическим отделениями, отделениями функциональной диагностики и лечебной физкультуры. В 1982 г. начал функционировать 9-ти этажный спальный корпус на 425 мест, столовая на 800 посадочных мест, клуб на 600 мест, скважина минеральной воды.

По инициативе генерал-лейтенанта медицинской службы Ивана Александровича Юрова в 1981 году в санатории было создано отделение восстановительного лечения для военнослужащих, получивших ранения во время боевых действий в Демократической Республике Афганистан. В 1989 г. отделение восстановительного лечения было переименовано в Центр восстановительного лечения реконструктивно-восстановительной травматологии и нейрохирургии.

В 2003 году за высокие показатели в лечебно-диагностической работе Центральному военному клиническому санаторию присвоено имя Н.И. Пирогова.

В результате подписания 18.04.2014 г. договора о принятии Республики Крым в состав Российской Федерации, начинается новый этап развития здравницы.

С 2015 года ФГБУ «Сакский военный клинический санаторий им. Н.И. Пирогова» Минобороны России — многопрофильное лечебно-профилактическое учреждение, предназначенное для лечения больных с заболеваниями органов системы кровообращения, органов дыхания нетуберкулёзного характера, органов пищеварения, эндокринной системы, расстройства питания и нарушения обмена; нервной системы, мочеполовой системы, костно-мышечной системы и соединительной ткани, органов зрения, органов слуха, больных травматологического и ортопедического профиля.