Важным событием в создании санатория стало Постановление Совета Народных комиссаров №1238 от 03.12.1938 года, которое явилось началом организации Ялтинского соматического санатория Военно-морского флота, сформированного на базе двух домов отдыха ЦК Союза моряков и Балтийского флота, которые функционировали самостоятельно с 1930 года.

Основные этапы создания и развития санатория:

03.12.1938г. – Постановление Совета Народных комиссаров №1238 о создании Ялтинского соматического санатория Военно-морского флота

27.01.1939г. – начало организации Ялтинского соматического санатория Военно-морского флота

15.07.1941г. – два дома отдыха ЦК Союза моряков и Балтийского флота приказом начальника Главного военно-медицинского управления передаются Черноморскому флоту

20.10.1941г. – дом отдыха Черноморского флота эвакуирован на Кавказ

02.06.1944г. — дом отдыха Черноморского флота возвратился на свою территорию в г. Ялта и развернулся на 150 коек

15.05.1948г. – дом отдыха Черноморского флота переформирован в Ялтинский общесоматический санаторий №14 на 200 мест

25.11.1948г. – решением Совета Министров СССР санаторию на правах собственности передан дворец Эмира Бухарского

10.03.1953г. – здание дворца Эмира Бухарского переоборудовано под лечебный корпус

07.09.1956г. – санаторий включен в состав Ялтинского объединенного санатория Министерства обороны СССР как филиал №2

02.12.1960г. – санаторий вошел в состав медицинской службы Черноморского флота и развернут на 450 коек

30.10.1965г. – вводится в строй спальный корпус №2 на 150 мест и столовая на 624 посадочных места

10.05.1967г. – сдан в эксплуатацию плавательный бассейн

10.03.1973г. – вводится в строй спальный корпус №1 на 370 мест

09.08.1976г. – санаторий переименован в Военный санаторий «Ялта» Черноморского флота

15.03.1979г. – сдан в эксплуатацию 4-х этажный лечебный корпус на 1100 посещений в смену

01.10.2008г. – санаторий перешел на новый штат на 700 коек

11.09.2014г. – санаторий перешел на новый штат на 1000 коек

В настоящее время Федеральное государственное бюджетное учреждение «Военный санаторий «Ялта» Министерства обороны Российской Федерации осуществляет свою деятельность в соответствии с Уставом, утвержденным приказом Министра обороны Российской Федерации №983 от 29 декабря 2014 года.