Филиал «Санаторий «Ельцовка» Федерального государственного казенного учреждения «Санаторно-курортного комплекса «Приволжский» Министерства обороны Российской Федерации начал своё существование как дом отдыха с 1939 года, когда он представлял собой ряд отдельных домиков для размещения отдыхающих. Тогда же был выстроен основной корпус на 120 человек отдыхающих.

На штат № 27/304 Ш он перешёл с 01.09.1945 года. В 1970 году был построен лечебный корпус в два этажа. В 1975 г. построен 5-ти этажный спальный корпус с пристроенной к нему 1-этажной столовой.

03 мая 1990г. дом отдыха переформирован в санаторий на 100 коек. В 1993 году по штату №27/944 санаторий на 150 коек. В 1997 году по штату №27/944 переведён в санаторий на 200 коек.

Согласно Директиве ГШ МО РФ №314/6/349 от 29.01.1999 года военный санаторий «Ельцовка» реорганизован с 01 июня 1999 г. в Дом отдыха «Ельцовка».

В соответствии с Директивой ГШ ВС РФ от 16 ноября 1999 года №314/6/846 и во исполнении Директивы ГВМУ МО РФ от 29 ноября 1999 года № 161/1/1/0877 военный дом отдыха «Ельцовка» на 200 коек переформирован в военный санаторий «Ельцовка» на 200 коек по штату 27/944-52 с 01.05.2000 г.

В соответствии с Директивой ГШ ВС РФ от 17 марта 2009 года № 314/6/1049 военный санаторий «Ельцовка» с 01.06.2009 г. переведён на штат 27/062-51.

В соответствии с директивой Генерального штаба Вооружённых Сил Российской Федерации от 30 августа 2010 года № 314/6/3332, с 24.11.2010г. Федеральное государственное учреждение «Военный санаторий «Ельцовка» СибВО переподчинён руководителю Департамента по санаторно-курортному обеспечению.

С 23 апреля 2011 г. санаторий переименован в Филиал «Санаторий «Ельцовка» Федерального бюджетного учреждения «Санаторно-курортного комплекса «Приволжский» Министерства обороны Российской Федерации на основании п.2 приказа МО РФ № 1804 от 15.12.2010 г.

В соответствии с Директивой ГШ ВС РФ № 314/6/2107 от 20.05.2011г. санаторий переведён на штат №27/328 с 6.10.2011 г. с ёмкостью 200 коек (фактическая коечная ёмкость составляет 178 коек).

С 13 июня 2012 г. изменён тип филиала на филиал «Санаторий «Ельцовка» федерального государственного казённого учреждения «Санаторно-курортного комплекса «Приволжский» Министерства обороны Российской Федерации на основании п.3 приказа начальника ФГКУ «СКК «Приволжский» МО РФ № 73 от 03.08.2012 г., в соответствии с распоряжением Правительства РФ от 29.03.2012года № 422-р.

В соответствии с Директивой ГШ ВС РФ от 10 июня 2016 года № 314/6/2390 военный санаторий «Ельцовка» с 01.07.2016 г. переведён на штат 27/123.